Την ευθύνη της εύρυθμης λειτουργίας του προγράμματος έχει η Γενική Συνέλευση (Γ.Σ.) του Τμήματος, η οποία απαρτίζεται από τον Πρόεδρο του Τμήματος, τα μέλη Διδακτικού Ερευνητικού Προσωπικού (Δ.Ε.Π.) του Τμήματος και εκπροσώπους των μελών ΕΔΙΠ-ΕΤΕΠ και των φοιτητών. Η Γ.Σ. είναι αρμόδια για τον ορισμό του Διευθυντή και των διδασκόντων του Προγράμματος, τον ορισμό των μελών της συντονιστικής επιτροπής (Σ.Ε.), τη συγκρότηση κατά περίπτωση συμβουλευτικών επιτροπών, εξεταστικών επιτροπών, επιτροπών επιλογής ή εξέτασης των υποψήφιων μεταπτυχιακών φοιτητών, την απονομή μεταπτυχιακών διπλωμάτων.

Η Συντονιστική Επιτροπή αποτελείται από τον Διευθυντή του Π.Μ.Σ. και τέσσερα (4) μέλη του Διδακτικού Ερευνητικού προσωπικού του Τμήματος με αντικείμενο συναφές με αυτό του Π.Μ.Σ. Ρομποτικής. Η Σ.Ε. είναι αρμόδια για την παρακολούθηση και τον συντονισμό του προγράμματος.

Ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ. προεδρεύει της Σ.Ε. και εισηγείται προς τη Γ.Σ. και τη Σ.Ε. θέματα σχετικά με την αποτελεσματική λειτουργία του Π.Μ.Σ.

Για τη γραμματειακή υποστήριξη του Π.Μ.Σ. λειτουργεί ιδιαίτερη Γραμματεία του Π.Μ.Σ., στο πλαίσιο της Γραμματείας του Τμήματος, που επιλαμβάνεται των διαφόρων θεμάτων της λειτουργίας του μεταπτυχιακού προγράμματος. Την ευθύνη της λειτουργίας την έχει ο/η γραμματεύς του Τμήματος.