Σκοπός των υποτροφιών είναι να επιβραβεύσουν και να υποκινήσουν τους φοιτητές του προγράμματος για την επίτευξη βελτιωμένων επιδόσεων και να προσελκύσει φοιτητές υψηλών ακαδημαϊκών προσόντων.
Ο αριθμός των υποτρόφων ανά τύπο υποτροφίας και ανά εξάμηνο, καθορίζεται στην αρχή κάθε κύκλου από τη Σ.Ε. του Π.Μ.Σ. Οι υποτροφίες χορηγούνται ανά εξάμηνο με κριτήριο την επίδοση των φοιτητών ή και άλλα συμπληρωματικά κριτήρια, όπως η οικονομική τους δυνατότητα, κοινωνικοί λόγοι, κ.λ.π.
Η Σ.Ε. μπορεί να χορηγήσει υποτροφίες κατά την εισαγωγή των μεταπτυχιακών φοιτητών στο πρόγραμμα για ειδικούς λόγους (οικονομικούς κ.α.)